Nach 15 Jahren in der Nationalliga A steigt der TV Zofingen am Ende der Saison 1987/88 in die Nationalliga B ab. «Nur fünf Jahre sind es her, dass der TV Zofingen letztmals Schweizer Meister wurde. Die Mannschaft von damals bestand zum überwiegenden Teil aus Spielern, die dem eigenen Nachwuchs entsprangen. Zofingen genoss lange Jahre wegen seiner sauberen und fairen Vereinspolitik, die ganz auf Kameradschaft und Idealismus basierte, selbst bei der Konkurrenz hohes Ansehen. Doch immer stärker wurde der Einfluss jener Kräfte, denen es nicht mehr genügte, im amateurhaften Sinne ein profihaftes Dasein zu fristen», so die Analyse.

Im Oktober 1999 verstirbt der ehemalige Zofinger Spieler und Schweizer Internationale Peter Weber im Alter von 37 Jahren an einer heimtückischen Viruserkrankung. Im November 2000 stürzt der Zofinger Handballer Dominik Frank beim BZZ von einer Mauer und erleidet tödliche Verletzungen.

Eines des schwärzesten Kapitel in der Vereinsgeschichte erlebten die Zofinger Handballer um die Jahrtausendwende. Ende der 90-Jahre häufen sich die Schulden auf über 100 000 Franken an, die «Liquidität stellt im Moment ein grösseres Problem dar», heisst es an der ausserordentlichen Generalversammlung vom 20. Januar 1999. Die Ausgabenseite muss von 450 000 auf 350 000 Franken pro Jahr reduziert werden. Und es kommt noch schlimmer: Bis im Juni 2000 sind die Schulden auf 200 000 Franken angestiegen. Im Dezember 2001 starten die TVZ-Handballer die Aktion Rettungsring, denn «dem TV Zofingen Handball steht das Wasser bis zum Hals». Erst im Februar 2004 ist der TVZ wieder schuldenfrei und hat dank grosszügiger Unterstützung von Gläubigern und Sponsoren die Schulden von maximal 320 000 Franken abgetragen.

Nur einige Wochen nach dem daraufhin entlassenen Ungarn Janos Molnar bleibt im Januar 2001 auch Lukas Loretz wegen Cannabis-Konsum in einer Dopingprobe hängen.

In der Saison 2002/03 gibt es sportliche Negativschlagzeilen. In 28 Runden in der NLA holen die Thutstädter keinen Punkt und schliessen das Abstiegsjahr mit einer Tordifferenz von -476 ab. Im November 2002 setzt es bei Wacker Thun sogar das Schweizer Rekord-Ergebnis von 9:48 ab.

Im Jahr 2010 entwickelt der TV Zofingen die «Vision 2020», die die ehemalige Hochburg wieder zu einem nationalen Spitzenklub machen soll. Noch ist 2020 nicht erreicht, doch das Ziel ist in weite Ferne gerückt. Am Ende der Saison 2015/16 – und damit ein Jahr nach dem Rückzug des Frauen-Fanionteams aus der höchsten Liga – steigen die Thutstädter in die 1. Liga ab und treten freiwillig den Gang in die 2. Liga an.